Apoteket blev grundlagt af Hertug Friedrich Christian II. i Augustenborg som det ”Hertugelige Hofapotek” den 22. Februar 1799.

Fra 1848 – 1935 hed det Augustenborg Apotek og blev  den 12. Marts 1935 flyttet til Jernbanegade 11 i Sønderborg og omdøbt til Jernbane Apotek.